Największy rozkwit klasztoru augustianów w Chojnie - w tym działalności religijno-oświatowej oraz rozwijania myśli teologicznej – nastąpił w XIV-XV w. Po reformacji oraz wprowadzeniu wyznania ewangelicko-augsburskiego, zespół kościelno-klasztorny zamieniano na cele użytku publicznego, nieraz dalekie od katolickiej wiary, co udokumentowano w historii. Po II wojnie światowej aż do lat 60-tych, zarówno kościół, jak i budynki poklasztorne, używane były jako magazyny i garaże. Po przekazaniu przez ówczesne władze tego obiektu Kościołowi Rzymskokatolickiemu, ks. Andrzej Czechowicz rozpoczął odbudowę, którą następnie kontynuował ks. prałat Zbigniew Wójcik. Ordynariusz Diecezji Gorzowskiej - Sługa Boży ks. Biskup Wilhelm Pluta poświęcił kościół, zachowując tytuł Świętej Trójcy, w dniu 22 września 1963 roku. W roku 1974 - ks. Biskup Jerzy Stroba erygował parafię Świętej Trójcy. Pierwszym proboszczem został ks. Anatol Strzałkowski, a od listopada 1984 r. dekretem Ks. Biskupa Kazimierza Majdańskiego parafię objął ks. prałat Antoni Chodakowski.

26 maja odbyły się w parafii Świętej Trójcy uroczystości związane z obchodami jubileuszu 625-lecia poświęcenia kościoła oraz 40-lecia erygowania parafii. Najważniejszym punktem programu było odświętne nabożeństwo pod przewodnictwem abp. metropolity szczecińsko-kamieńskiego Andrzeja Dzięgi, w czasie którego konsekrowano wzniesiony niedawno nowy ołtarz oraz rekonsekrowano kościół.

Po mszy świętej, uczestnicy uroczystości zaproszeni zostali na poczęstunek przygotowany przy Centrum Kultury. Wieczorem zaś mogli wysłuchać koncertu muzyki poważnej w kościele Mariackim w wykonaniu artystów stowarzyszenia Cantores Varsovienses. Recital zatytułowano „Ave Maria poprzez wieki” i, jak się można domyślać, w programie znalazły się utwory maryjne komponowane od średniowiecza do współczesności. Klamrami spinającymi program występu były dwie polskie pieśni – „Bogurodzica” oraz „Czarna Madonna”. Pomiędzy nimi zaś znalazły się kompozycje m.in. G. Cacciniego, Ch. Gounoda, W.A. Mozarta, F. Schuberta, A Brucknera, a także A. Mikulskiego, który akompaniował solistom. Wystąpili: E. Mikulska – kontralt, K. Machowski – tenor, K. Matuszak – baryton, A. Mikulski – akompaniament.