Równie niewiele wiadomości posiadamy o pierwotnym wyglądzie dawnej chojeńskiej fary. Zachowane do dziś w okolicach wieży oraz w zachodniej ścianie jednej z południowych kaplic relikty dawnego założenia, pozwalają sądzić, iż była to budowla wzniesiona z dobrze obrobionych kwader granitowych. Przeprowadzona przez dziewiętnastowiecznych badaczy analiza rozmieszczenia i układu tych pozostałości doprowadziła do powstania hipotezy, wedle której dawny kościół zakomponowany miałby być na planie krzyża greckiego, a swą sylwetką przypominać istniejące do dziś kościoły św. Ducha w Moryniu oraz Narodzenia NMP w Gryfinie. Hipoteza ta, aczkolwiek nie otrzymała do dziś jednoznacznego potwierdzenia, wydaje się być dość prawdopodobna.

Być może częścią tej budowli była również stara gotycka wieża, która runęła w 1843 roku W czasie badań archeologiczno-architektonicznych prowadzonych w 1962 roku odsłonięto fundamenty tej wieży i stwierdzono, że piętnastowieczny ceglany korpus kościoła został do niej dobudowany.

Wzrost znaczenia Chojny w XIV wieku sprawił, iż bogacący się mieszczanie przystąpili w końcu owego wieku do rozbudowy kościoła. Właściwie można mówić o wzniesieniu nowej świątyni, gdyż starą rozebrano, pozostawiając jedynie wieżę. Zdaniem większości badaczy, w projektowanie potężnego kościoła halowego, zbudowanego w stylu północnoniemieckiego gotyku ceglanego, miał być zaangażowany wybitny szczeciński architekt Hinrich Brunsberg. Jego autorstwo, podobnie jak w przypadku przypisywanych mu kościołów m.in. w Stargardzie i w Szczecinie, wywiedziono tylko na podstawie analogii do kościoła św. Katarzyny w Brandenburgu, który jest sygnowany nazwiskiem owego mistrza. Budowlę, w zachowanej do dziś formie, wzniesiono w trzech etapach. Starszą, czteroprzęsłową wschodnią część ukończono w 1407 roku. W kolejnych latach dobudowano trzyprzęsłową część zachodnią, łącząc ją ze starą gotycką wieżą. Zakończenie tego etapu prac, datuje się na rok 1459. W efekcie powstał trójnawowy kościół halowy z ambitem i wieńcem kaplic utworzonych przez przypory wciągnięte do wewnątrz. W ostatnim etapie prac zbudowano przy południowo-wschodnim narożniku wieży i kościoła nieistniejącą już kaplicę św. Anny, którą, jak podaje szesnastowieczny historyk brandenburski Andreas Angelus, poświęcono w 1497 roku.

Mimo iż kościół wznoszony był na przestrzeni kilku dziesięcioleci, to budowniczym udało się utrzymać spójność i jednolitość architektoniczną. Rozwarstwienie chronologiczne poszczególnych części świątyni zauważalne jest jedynie w detalach. Najlepiej dostrzegalnymi cechami, na podstawie których można rozpoznać poszczególne etapy rozbudowy, są formy dekoracji lizen stanowiących zewnętrzną artykulację przypór (ilustracja 2). W starszej wschodniej części dekoracje są bogate i kunsztowne, do ich wykonania wykorzystano glazurowane cegły. W młodszej części zachodniej zaś, być może z braku funduszy, lizeny udekorowano skromniej – zastosowano jedynie prostą kompozycję ceglanych wimperg bez użycia glazury.

W ciągu kolejnych stuleci świątynia zbytnio się nie zmieniała. Owszem, modyfikacjom ulegał niszczony przez pioruny drewniany hełm wieży, jednakże sylwetka kościoła pozostawała nienaruszona. Znaczące zmiany nastąpiły dopiero w połowie XIX wieku. Prowadzona w tym czasie regulacja Rurzycy doprowadziła do zmiany stosunków wód gruntowych. Okazało się to brzemienne w skutki dla starej gotyckiej wieży, która zaczęła osiadać i pękać. W latach 1839-1842 rozebrano barokowy hełm i dobudowano dwa dodatkowe piętra, które miały skonsolidować jej bryłę. Wieża jednakże runęła 2 czerwca 1843 roku, niszcząc również kaplicę św. Anny. Wiosną 1855 roku przystąpiono do budowy nowej wieży. Zaprojektowana w stylu gotyku francuskiego smukła i wysoka budowla, przy której pracował jeden z największych architektów XIX wieku Friedrich August Stüler, zmieniła zasadniczo sylwetkę kościoła Mariackiego (ilustracja 3). Przede wszystkim znacząco podkreśliła rolę dominanty krajobrazowej, którą pełnił poprzez wieki. Również i dziś, po odbudowie ze zniszczeń II wojny światowej, kościół Mariacki – odarty wprawdzie z oryginalnego układu przestrzennego, który kształtował i przez który był kształtowany - stanowi nadal markę i szczególny znak rozpoznawczy miasta nad Rurzycą.

Michał Gierke